Дальнейшая история острова тоже не изобиловала спокойными периодами. В 1798 году Мальту захватил Наполеон. Правда уже в 1800 году над Валеттой развернулся британский флаг. Некоторое время Мальта была английской колонией и пережила еще одну осаду в 1941-1942 годах.